特找到了恐怖分子，制止了第二次位于市区的核弹袭击
而辅助执行《源代码》计划的女军官古德温在柯尔特最后一次进入虚拟世界之时，中断了他现实世界残躯的维生系统，解脱了现实世界的柯尔特
令人意外的是，虚拟世界并没有随之毁灭，而是继续演绎了下去，说明《源代码》创建的并不是虚拟世界，而是平行世界
最终，柯尔特以肖恩的身份，在平行世界和美女克里斯蒂娜幸福的生活在了一起
大团圆结局
又仔细看了两遍之后，孟东来大掌握了这个电影世界观的设定
首先，设定每个世界都有一个围城组织，有一个博士在研究源代码技术
设定现实世界为A世界，在A世界，列车爆炸了，柯尔特的意识被注入爆炸事故遇难者肖恩的大脑，进入源代码世界执行任务
设定B世界为A世界源代码计划创建的所有用于完成任务的虚拟（平行）世界，这些世界火车也都爆炸了，柯尔特都死亡了，或者说他的意识都被收回了A世界
设定C世界为A世界源代码创建的最后一个虚拟（平行）世界，，C世界的火车爆炸被柯尔特制止在这个虚拟（平行）世界运行的时候，古德温中断了A世界柯尔特的维生系统，A世界的柯尔特躯体死亡，但A世界柯尔特的意识继续在C世界存活
最后设定再设定一个X世界，这个世界的柯尔特也是不断的穿越平行世界，终于完成任务，阻止了X世界的后续恐怖袭击，而A世界是X世界源代码计划创建的最后一个虚拟（平行）世界，最后X世界的柯尔特意识穿越到A世界以一个未知的身份存活了下来
有了上面五个设定，接下来再捋电影剧情就会很清楚了
X世界柯尔特意识拯救了X世界，意识在A世界存活下来，发短信给A世界的古德温，请求她帮助A世界的柯尔特
A世界的古德温收到短信的时候，A世界的火车爆炸还没有发生，所以她半信半疑，没有行动
等A世界火车爆炸事件发生，A世界的源代码计划开始启动，A世界的柯尔特被不断的投放到无尽的B世界，找寻A世界火车爆炸的真凶
这些B世界因为是A世界的平行世界，所以火车上都被恐怖分子设置了炸弹，A世界的柯尔特将B世界火车上的所有乘客都审问了一遍，最后终于找到了恐怖分子德里克·佛洛斯特
A世界的柯尔特意识被回收，拉特利奇博士利用柯尔特获得的信息制止了第二次核弹爆炸，功成名就然后博士违反最初的约定，命令古德温将柯尔特的意识格式化，以待执行下一次任务，在博士的概念里，柯尔特的意识已经成了他功成名就的神器
其他人都去庆祝了，只有古德温还在和A世界的柯尔特聊天，因为古德温收到过X世